შპს მახინჯაურის საზღვაო სკოლა თავის ისტორიას 2001 წლიდან ითვლის. თავდაპირველად, იგი შეიქმნა „მახინჯაურის გიმნაზიის“ სახელით (2001-2005 წწ.) მახინჯაურის რუსული სკოლის ბაზაზე. შემდეგ აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის განათლების, კულტურისა და სპორტის მინისტრის 2006 წლის 21 აგვისტოს ბრძანება №379-ით გაიცა შპს ,,მახინჯაურის ლიცეუმის" საშუალო ზოგადსაგანმანათლებლო საქმიანობის სპეციალური ლიცენზია. 2011 წლის 05 მაისის ავტორიზაციის საბჭოს გადაწყვეტილებით №55 (05.05.2011 წ.) მიენიჭა ზოგადსაგანმანათლებლო დაწესებულების სტატუსი საშუალო საფეხურის საგანმანათლებლო პროგრამის განხორციელების მიზნით და პროფესიული საგანმანათლებლო პროგრამების განხორციელების უფლება 4 წლის ვადით. 2016 წლის 27 აპრილის ავტორიზაციის საბჭოს გადაწყვეტილებით №12 მიენიჭა ზოგადსაგანმანათლებლო დაწესებულების სტატუსი საშუალო საფეხურის საგანმანათლებლო პროგრამის განხორციელების მიზნით და პროფესიული საგანმანათლებლო პროგრამების განხორციელების უფლება 6 წლის ვადით. 2022 წლის 30 მარტის ავტორიზაციის საბჭოს გადაწყვეტილებით შპს მახინჯაურის საზღვაო სკოლას 6 წლის ვადით მიენიჭა ზოგადსაგანმანათლებლო დაწესებულების სტატუსი, საშალო საფეხურის ზოგადსაგანმანათლებლო პროგრამის განხორციელების მიზნით. ხოლო 2024 წლის 22 აგვისტოდან სკოლების სახელწოდების კანონმდებლობასთან შესაბამისობაში მოყვანის მიზნით, დაწესებულებამ შეიცვალა სახელი და ეწოდა „შპს მახინჯაურის საზღვაო სკოლა“.

შპს მახინჯაურის საზღვაო სკოლის დამფუძნებელი და დირექტორი არის ლალი ხვედელიძე.